PyBH, la librairie open source qui veut transformer la recherche en santé

Jean Van Dyk et Téodore Autuly, deux étudiants ingénieurs de l’IMT Atlantique membres de la promo IMPACT de Passeport Armorique pour Entreprendre, développent PyBH, une librairie open source dédiée aux statistiques bayésiennes appliquées à la santé. Leur ambition : fournir aux chercheurs, médecins et data scientists un outil performant, transparent et accessible pour résoudre certains défis majeurs de la recherche biomédicale. Un projet technique, exigeant et porteur d’impact, qui vise à démocratiser une technologie encore peu utilisée dans le domaine médical.

Passeport Armorique pour Entreprendre : Bonjour, pouvez-vous vous présenter en quelques mots ?

Nous sommes deux étudiants de l’IMT Atlantique de Brest :

Jean Van Dyk : 

  • Âge : 23 ans 
  • Ville : Brest jusqu’en Mars puis Paris 
  • Formation : Ingénieur – Mathématiques appliquées à l’informatique
  • Meneur du projet : Gestion de projet, communication, organisation, développement informatique.  

Téodore Autuly : 

  • Âge : 21 ans 
  • Ville : Brest 
  • Formation : Ingénieur – Ingénierie logicielle des systèmes distribués
  • Associé technique : Développement informatique, communication.

PAE : Quel est votre projet entrepreneurial ?

Jean : Nous avons pour objectif de développer une librairie informatique open source fournissant des outils statistiques bayésiens de pointe appliquée au domaine de la santé. Associé à cet outil, nous souhaitons, à long terme, proposer des formations et du développement privé pour démocratiser ces statistique, et répondre à des besoins trop spécifiques pour être généralisés dans la librairie. 

Concrètement, nous souhaitons fournir un outil informatique en libre accès et transparent destiné aux professionnels de santé (Médecins Chercheurs, Bio-statisticiens, Data Scientists, Généticiens, Épidémiologistes, Chercheurs en pharmaco-épidémiologie…) pour faciliter la recherche dans ce secteur. Cet outil performant permettra de résoudre plusieurs problèmes auxquels fait face la santé : le manque de patients pour certaines maladies ou la mise en place d’essais cliniques adaptatifs par exemple. Idéalement, nous souhaitons démocratiser ces statistiques et créer la librairie informatique de référence pour l’application des statistiques bayésiennes au domaine de la santé.

PAE : Comment avez-vous choisi le nom de votre projet ?

Jean : Notre projet s’appelle PyBH comme acronyme décrivant la technologie sur laquelle il se base et le secteur auquel nous souhaitons l’appliquer. “Py” pour python, le langage informatique que nous utilisons, qui est le plus utilisé, et surtout le plus utilisé chez les data scientists. Insérer “Py” dans une librairie informatique Python est une norme répandue(NumPy, Pytensor, PyMC, …). “BH” pour “Bayesian for Health”, puisque notre outil utilise les statistiques bayésiennes et les applique au domaine de la santé.

logo_PyBH

PAE : Qu’est-ce qui vous a donné l’élan pour vous lancer dans cette aventure ?

Jean : J’ai eu la chance de devenir contributeur chez PyMC Labs, librairie open source leader dans l’application des statistiques bayésiennes appliquées au marketing. Je me suis rendu compte de la puissance de la technologie et me suis renseigné par curiosité des différents domaines d’applications. C’est avec surprise que je découvre qu’elles n’étaient pas ou peu appliquées au domaine de la santé, malgré leurs nombreux avantages. J’ai partagé ma découverte avec Téodore et nous avons décidé de combler ce manque. 

PAE : En quoi votre projet crée-t-il un véritable IMPACT ?

Jean : Les objectifs sont nombreux : 

  • Réduction de 30 à 50 % en nombre de patients et en temps par rapport à la méthode traditionnelle (Source : Bayesian Adaptive Methods for Clinical Investigation Scott M. Berry, Bradley P. Carlin, J. Jack Lee, et Peter Müller.) 
  • Une interprétation plus intuitive qui permet d’éviter le biais de 96 % des articles scientifiques dans la mésinterprétation dichotomique de la méthode standard
  • En finir avec les dégâts causés par cette mauvaise interprétation. Par exemple, là où une étude avait conclu à la non efficacité d’une méthode de soin, notre technologie a conclu à une réduction du risque de mortalité dépassant les 88 %.
    (Source : Extracorporeal membrane oxygenation for severe acute respiratory distresssyndrome associated with COVID-19: a retrospective cohort study,Schmidt Met al. 2020)
  • Lever le verrou statistique des maladies rares : là où les méthodes classiques échouent faute d’un échantillon suffisant, le Bayésien permet de valider des traitements vitaux en intégrant les données historiques.

PAE : Quelle est l’actualité de votre projet ?

Jean : Nous allons participer aux Hacking Health de Strasbourg et de Nantes, et nous avons également rejoint la promo IMPACT de Enactus.

PAE : Où peut-on suivre vos actualités et en savoir plus sur votre projet ?

Jean : Vous pouvez découvrir :

Avec PyBH, Jean et Téodore portent un projet ambitieux, technique et profondément utile pour la recherche médicale. Envie de découvrir d’autres initiatives de la promo IMPACT de Passeport Armorique pour Entreprendre ?
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